目標：利用python讀取dicom文件，并進行處理生成info.txt和raw文件

實現：通過pydicom讀取dicom文件

代碼：

import numpyimport pydicomimport os# dicom文件所在的文件夾目錄PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/'# 篩選出文件夾目錄下所有的dicom文件lstFilesDCM = []for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom):  for filename in fileList:    if '.dcm' in filename.lower():      lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename))# Get ref fileRefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])# Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis)ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows), int(RefDs.Columns), len(lstFilesDCM))# Load spacing values (in mm)ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))# save info.txtinfo = ConstPixelDims + ConstPixelSpacingf = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt', 'w')for n in info:  f.write(str(n)+' ')f.close()# According to location sortinglocation = []for i in range(len(lstFilesDCM)):  ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[i])  location.append(ds.SliceLocation)location.sort()# The array is sized based on 'ConstPixelDims'ArrayDicom = numpy.zeros((len(lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype=RefDs.pixel_array.dtype)# loop through all the DICOM filesfor filenameDCM in lstFilesDCM:  # read the file  ds = pydicom.read_file(filenameDCM)  # store the raw image data  ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :] = ds.pixel_array# save rawds = ArrayDicom.tostring()f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw', 'wb')f.write(ds)f.close()

代碼編寫過程遇到的問題及解決方法：

Problem one: pydicom版本問題。

pydicom1.x中讀取dicom文件調用pydicom.read_file(filename);

pydicom0.9中讀取dicom文件調用dicom.read_file(filename);

Problem two:python中IO操作

(1) f = open(filename, mode)

其中filename為文件的路徑， mode為操作標識符：‘r' 表示讀， ‘w'表示寫，‘a'表示既可讀又可寫，‘b'表示二進制文件。

(2) f.write(value)

其中參數value必須是字符串類型的。

當然還有一些其他的問題，在這里就不細說了，多入坑才能學的多，切不可煩躁，代碼就是要多敲才能得心應手，共勉。

以上這篇python 讀取dicom文件,生成info.txt和raw文件的方法就是小編分享給大家的全部內容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持武林站長站。