一、文件系統安全
php如果具有root權限，且在腳本中允許用戶刪除文件，那么用戶提交數據，不進行過濾，就非常有可能刪除系統文件

<?php
// 從用戶目錄中刪除指定的文件
$username = $_POST['user_submitted_name'];
$userfile = $_POST['user_submitted_filename'];
$homedir = "/home/$username";
unlink ("$homedir/$userfile");
echo "The file has been deleted!";
?>
上面的代碼，假設用戶提交的$userfile值是 ../etc/，那么/etc目錄就會被刪除
防范文件系統攻擊，策略如下

只給php有限的權限
用戶提交上來的變量要監測和過濾，不能包含文件路徑等特殊字符
盡量避免使用PHP操作文件（刪除），如果有這方面的需求，那用戶可刪除文件也必須是系統生成的隨機名稱，不可被用戶控制
二、數據庫安全
數據庫安全主要防范的是sql injection，即sql注入攻擊，提升數據庫安全的策略如下：

不用使用root帳號或者數據庫所有者帳號連接數據庫，連接數據庫限定連接用戶的ip
使用php的pdo擴展，有效防止sql注入，除了安全方面的優勢，php的pdo擴展在性能方面有有很大優勢
請參看
對一些敏感信息進行加密，常見的比如對密碼進行加密
三、用戶數據過濾
對用戶數據過濾，可以防范XSS和CSRF攻擊

使用白名單（用戶輸入是固定模式）的方式
比如用戶名只能使用數字字母，那么可以使用函數ctype_alnum判斷
對用戶輸入使用函數 htmlentities或者htmlspecialchars進行處理，輸入url不允許傳入非http協議
用戶身份驗證使用令牌 token(csrf)
HTML Purifier 是開源的防范xss攻擊的有效解決方案，
四、其他安全策略
線上環境關閉錯誤報告(error_reporting,dislay_erros，可在php.ini中配置error_log路徑，記錄錯誤信息，這樣有助于發現可能的用戶攻擊)
Register Globals,棄用（移除）的特性，不要使用
魔術引號特性，不要開啟，在PHP-5.4中已經被移除
盡量使用PHP的最新版本，最新版本修復了已知的很多安全漏洞和bug
代碼中嚴格遵守上述策略，基本能保證代碼不會有太多的安全漏洞，能防范常見攻擊。