給你1個文件bigdata,大小4663M,5億個數(shù),文件中的數(shù)據(jù)隨機(jī),如下一行一個整數(shù):
61963023557681612158020393452095006174677379343122016371712330287901712966901...7005375現(xiàn)在要對這個文件進(jìn)行排序,怎么搞?
先嘗試內(nèi)排,選2種排序方式:
PRivate final int cutoff = 8;public <T> void perform(Comparable<T>[] a) {perform(a,0,a.length - 1);}private <T> int median3(Comparable<T>[] a,int x,int y,int z) {if(lessThan(a[x],a[y])) {if(lessThan(a[y],a[z])) {return y;}else if(lessThan(a[x],a[z])) {return z;}else {return x;}}else {if(lessThan(a[z],a[y])){return y;}else if(lessThan(a[z],a[x])) {return z;}else {return x;}}}private <T> void perform(Comparable<T>[] a,int low,int high) {int n = high - low + 1;//當(dāng)序列非常小,用插入排序if(n <= cutoff) {InsertionSort insertionSort = SortFactory.createInsertionSort();insertionSort.perform(a,low,high);//當(dāng)序列中小時,使用median3}else if(n <= 100) {int m = median3(a,low,low + (n >>> 1),high);exchange(a,m,low);//當(dāng)序列比較大時,使用ninther}else {int gap = n >>> 3;int m = low + (n >>> 1);int m1 = median3(a,low,low + gap,low + (gap << 1));int m2 = median3(a,m - gap,m,m + gap);int m3 = median3(a,high - (gap << 1),high - gap,high);int ninther = median3(a,m1,m2,m3);exchange(a,ninther,low);}if(high <= low)return;//lessThanint lt = low;//greaterThanint gt = high;//中心點(diǎn)Comparable<T> pivot = a[low];int i = low + 1;/** 不變式:*a[low..lt-1] 小于pivot -> 前部(first)*a[lt..i-1] 等于 pivot -> 中部(middle)*a[gt+1..n-1] 大于 pivot -> 后部(final)**a[i..gt] 待考察區(qū)域*/while (i <= gt) {if(lessThan(a[i],pivot)) {//i-> ,lt ->exchange(a,lt++,i++);}else if(lessThan(pivot,a[i])) {exchange(a,i,gt--);}else{i++;}}// a[low..lt-1] < v = a[lt..gt] < a[gt+1..high].perform(a,low,lt - 1);perform(a,gt + 1,high);}/** * 小于等于這個值的時候,交給插入排序 */private final int cutoff = 8;/** * 對給定的元素序列進(jìn)行排序 * * @param a 給定元素序列 */@Overridepublic <T> void perform(Comparable<T>[] a) {Comparable<T>[] b = a.clone();perform(b, a, 0, a.length - 1);}private <T> void perform(Comparable<T>[] src,Comparable<T>[] dest,int low,int high) {if(low >= high)return;//小于等于cutoff的時候,交給插入排序if(high - low <= cutoff) {SortFactory.createInsertionSort().perform(dest,low,high);return;}int mid = low + ((high - low) >>> 1);perform(dest,src,low,mid);perform(dest,src,mid + 1,high);//考慮局部有序 src[mid] <= src[mid+1]if(lessThanOrEqual(src[mid],src[mid+1])) {System.arraycopy(src,low,dest,low,high - low + 1);}//src[low .. mid] + src[mid+1 .. high] -> dest[low .. high]merge(src,dest,low,mid,high);}private <T> void merge(Comparable<T>[] src,Comparable<T>[] dest,int low,int mid,int high) {for(int i = low,v = low,w = mid + 1; i <= high; i++) {if(w > high || v <= mid && lessThanOrEqual(src[v],src[w])) {dest[i] = src[v++];}else {dest[i] = src[w++];}}}數(shù)據(jù)太多,遞歸太深 ->棧溢出?加大Xss?數(shù)據(jù)太多,數(shù)組太長 -> OOM?加大Xmx?
耐心不足,沒跑出來.而且要將這么大的文件讀入內(nèi)存,在堆中維護(hù)這么大個數(shù)據(jù)量,還有內(nèi)排中不斷的拷貝,對棧和堆都是很大的壓力,不具備通用性。
sort -n bigdata -o bigdata.sorted跑了多久呢?24分鐘.
為什么這么慢?
粗略的看下我們的資源:
- 內(nèi)存 jvm-heap/stack,native-heap/stack,page-cache,block-buffer
- 外存 swap + 磁盤
數(shù)據(jù)量很大,函數(shù)調(diào)用很多,系統(tǒng)調(diào)用很多,內(nèi)核/用戶緩沖區(qū)拷貝很多,臟頁回寫很多,io-wait很高,io很繁忙,堆棧數(shù)據(jù)不斷交換至swap,線程切換很多,每個環(huán)節(jié)的鎖也很多.
總之,內(nèi)存吃緊,問磁盤要空間,臟數(shù)據(jù)持久化過多導(dǎo)致cache頻繁失效,引發(fā)大量回寫,回寫線程高,導(dǎo)致cpu大量時間用于上下文切換,一切,都很糟糕,所以24分鐘不細(xì)看了,無法忍受.
private BitSet bits; public void perform( String largeFileName, int total, String destLargeFileName, Castor<Integer> castor, int readerBufferSize, int writerBufferSize, boolean asc) throws IOException { System.out.println("BitmapSort Started."); long start = System.currentTimeMillis(); bits = new BitSet(total); InputPart<Integer> largeIn = PartFactory.createCharBufferedInputPart(largeFileName, readerBufferSize); OutputPart<Integer> largeOut = PartFactory.createCharBufferedOutputPart(destLargeFileName, writerBufferSize); largeOut.delete(); Integer data; int off = 0; try { while (true) { data = largeIn.read(); if (data == null) break; int v = data; set(v); off++; } largeIn.close(); int size = bits.size(); System.out.println(String.format("lines : %d ,bits : %d", off, size)); if(asc) { for (int i = 0; i < size; i++) { if (get(i)) { largeOut.write(i); } } }else { for (int i = size - 1; i >= 0; i--) { if (get(i)) { largeOut.write(i); } } } largeOut.close(); long stop = System.currentTimeMillis(); long elapsed = stop - start; System.out.println(String.format("BitmapSort Completed.elapsed : %dms",elapsed)); }finally { largeIn.close(); largeOut.close(); } } private void set(int i) { bits.set(i); } private boolean get(int v) { return bits.get(v); }nice!跑了190秒,3分來鐘.以核心內(nèi)存4663M/32大小的空間跑出這么個結(jié)果,而且大量時間在用于I/O,不錯.
問題是,如果這個時候突然內(nèi)存條壞了1、2根,或者只有極少的內(nèi)存空間怎么搞?
該外部排序上場了.外部排序干嘛的?
- 內(nèi)存極少的情況下,利用分治策略,利用外存保存中間結(jié)果,再用多路歸并來排序;


內(nèi)存中維護(hù)一個極小的核心緩沖區(qū)memBuffer,將大文件bigdata按行讀入,搜集到memBuffer滿或者大文件讀完時,對memBuffer中的數(shù)據(jù)調(diào)用內(nèi)排進(jìn)行排序,排序后將有序結(jié)果寫入磁盤文件bigdata.xxx.part.sorted. 循環(huán)利用memBuffer直到大文件處理完畢,得到n個有序的磁盤文件:

現(xiàn)在有了n個有序的小文件,怎么合并成1個有序的大文件?把所有小文件讀入內(nèi)存,然后內(nèi)排?(⊙o⊙)…no!
利用如下原理進(jìn)行歸并排序:
我們舉個簡單的例子:
文件1:3,6,9文件2:2,4,8文件3:1,5,7
第一回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行文件2的最小值:2,排在文件2的第1行文件3的最小值:1,排在文件3的第1行那么,這3個文件中的最小值是:min(1,2,3) = 1也就是說,最終大文件的當(dāng)前最小值,是文件1、2、3的當(dāng)前最小值的最小值,繞么?上面拿出了最小值1,寫入大文件.
第二回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行文件2的最小值:2,排在文件2的第1行文件3的最小值:5,排在文件3的第2行那么,這3個文件中的最小值是:min(5,2,3) = 2將2寫入大文件.
也就是說,最小值屬于哪個文件,那么就從哪個文件當(dāng)中取下一行數(shù)據(jù).(因?yàn)樾∥募?nèi)部有序,下一行數(shù)據(jù)代表了它當(dāng)前的最小值)
最終的時間,跑了771秒,13分鐘左右.
less bigdata.sorted.text...9999966999996799999689999969999997099999719999972999997399999749999975999997699999779999978...新聞熱點(diǎn)
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